Dahulu Desa Maguwoharjo merupakan wilayah yang terdiri dari 5 (lima) Kelurahan, masing-masing adalah: Kelurahan Kembang, Kelurahan Nayan, Kelurahan Tajem, Kelurahan Paingan, Kelurahan Padasan. Berdasarkan maklumat Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta yang diterbitkan tahun 1946 mengenai Pemerintahan Kelurahan, maka 5 (lima) Kelurahan tersebut digabung dijadikan 1 Desa yang otonom dengan nama Desa Maguwoharjo. Secara formal Desa Maguwoharjo ditetapkan berdasarkan Maklumat Nomor 5 Tahun 1948 tentang Perubahan Daerah-Daerah Kelurahan. Nama Maguwoharjo diambil dari nama lapangan terbang yang berada di wilayah ini yakni lapangan terbang Meguwo, yang sekarang semakin dikenal dengan Bandar Udara Internasional Adisutjipto. Dengan adanya Perda Nomor 2 Tahun 2020 Tentang Penetapan Kalurahan nama “Desa Maguwoharjo” menjadi “Kalurahan Maguwoharjo“
Saat ini Kalurahan Maguwoharjo meliputi 20 Padukuhan :
1. Denokan
2. Krodan
3. Jenengan
4. Pugeran
5. Sanggrahan
6. Nanggulan
7. Demangan
8. Corongan
9. Nayan
10. Kalongan
11. Tajem
12. Banjeng
13. Sembego
14. Setan
15. Meguwo
16. Ringinsari
17. Sambilegi Lor
18. Sambilegi Kidul
19. Karangploso
20. Kembang